保税仓库是一个完全受海关部门监管的区域，通过免除征收进口关税来鼓励企业在满足一定条件的区域和一定时间内对某些货物进行一项或多项处理。按照政府法例规定，保税仓库使用企业可在一定时间内对货物进行存储、包装、分类、合并、配套、调整和切割等，存储期限为最长两年，时间从货物从保税物流中心和其他规定的区域进入仓库开始计算，一旦超过规定期限则必须缴交税款。保税仓库拥有更高效的货物进出口效率、更便捷的许可流程、更具竞争力的价格以及帮助政府提高出口水平和投资水平。
保税仓库的使用者必须拥有印尼公司实体且居住在印尼，需要根据法律规定来缴交进口关税和消费税等，除了下列情况方可免除缴税责任：意外损坏的货物；出口或再出口的货物；用于清偿进口关税、消费税和纳税义务的进口货物；发往保税区、免税店或其他保税仓库的货物；发放到海关库存的货物；在海关官员监督下销毁的货物。同时法例规定禁止从其他国家进口不符合保税仓库许可证或法规规定的货物；禁止进口被禁止进口的货物；禁止从海关区域内其他地方囤积货物；禁止进口签发目的与许可证声明中目的明显不同的货物。
而要想成为保税仓库则需满足以下条件：位于容易从公共道路进入的位置，可供集装箱运输车辆通过；有明确的边界，拥有与其他区域分隔的围栏；与其他建筑物没有直接连接；拥有可供货物运输车辆通过的大门；只可用于存储仅用于支持关税区和/或保税区内其他工业活动的货物，或者分发给免税店或出口到其他国家的货物。
保税仓库分为三大类型：支持工业活动的仓库，具有储存和提取进口货物到关税区或保税区其他地方的工业企业的功能，例如制造业、采矿业、重型设备和石油服务行业等；免税店专卖中心的仓库，可储存进口货物并分发到免税店；以及中转保税仓库，可将进口货物分发到海关区域以外。
