根据经济学家的说法，印尼的物流成本占国内生产总值的比例高达22%，原因是国内80%的货物通过陆路运输，而全球70%的货物通过海路运输，陆路运输的成本却是海运的十倍，佐科总统提出的“海上通道”计划到目前仍然没有任何成果。
之前民间希望政府能够扩充Tanjung Priok和Sorong两大港口的容量增大一倍，然而政府却在Kuala Tanjung新建了港口，并没有扩建Belawan港口，因此把苏门答腊打造成粮仓的计划也难以实现。除了群岛地理因素的影响，基础设施不完善、政务服务流程繁复以及物流服务信息不对称等原因也导致物流成本居高不下。
按照财政部的数据，2021年第一季度印尼物流成本占国内生产总值23.5%，远高于例如马来西亚13%等东盟国家的水平；而海事和投资统筹部长卢胡特则希望到2024年这一指标能降低到17%甚至15%，因此政府目前正在十个港口试点直通出口目的地，希望能够节省30%的运输费用。
