卫生部传染病司司长表示印尼76%的艾滋病HIV病例集中在11个重点省份，分别为雅加达、东爪哇、西爪哇、中爪哇、北苏门答腊、巴厘岛、巴布亚、中巴布亚、南苏拉威西、万丹和廖内群岛。在巴布亚省，HIV传播已扩散至普通人群，流行率达2.3%。全国范围内HIV传播多发生在关键人群中，如男男性行为者、跨性别者、性工作者和注射毒品使用者。近三年HIV阳性率趋于停滞，但性传播感染病例上升，且在年轻群体中尤为明显，包括15-19岁的青少年。根据最新数据，印尼HIV感染者人数在全球排名第14位，新感染HIV病例排名第9位。2025 年感染人数预计约达56.4万人，但仅63%的人知晓自己的感染状况。在知晓感染状况的人群中，67%已接受抗逆转录病毒治疗，仅55%达到病毒载量抑制，即病毒无法检测到，传播风险极低。而去年记录到23347例梅毒病例，其中大部分为早期梅毒（19904例），包括77例母婴传播的先天性梅毒。淋病病例也较高，达10506例，主要集中在雅加达。
